Juan Francisco Fuentes es catedrático de Historia Contemporánea en la Universidad Complutense de Madrid. Antiguo alumno de l’École des Hautes Études en Sciences Sociales de París, ha sido profesor visitante en las universidades de Harvard, Université de Paris 3-Sorbonne Nouvelle, Sciences Po (París), Aix-Marseille, Lisboa y London School of Economics.
Ha impartido cursos y conferencias en las universidades de Princeton, Oxford, Sorbona, Menéndez Pelayo, Lisboa, Harvard, Wisconsin, Toulouse-Le Mirail, Viterbo y London School of Economics, entre otras. Fue director del Group of Advanced Research on Atlantic Empires del Real Colegio Complutense en Harvard y comisario de la exposición La nación en armas: España, 1808-1814, organizada por el Ministerio de Defensa y la Sociedad Estatal de Conmemoraciones Culturales.
En 2007 fue nombrado vocal de la Comisión Interministerial para la Conmemoración del II Centenario de la Guerra de la Independencia. Es autor de un centenar de artículos en revistas especializadas y de una veintena de libros, entre ellos, Totalitarianisms: The Closed Society and its Friend (University of Cantabria Press) y el Diccionario de símbolos políticos y sociales del siglo XX español (Alianza Ed.), dirigido con J. C. Rueda Laffond. Dirigió con J. Fernández Sebastián el Diccionario político y social del siglo XIX español y el Diccionario político y social del siglo XX español, ambos publicados por Alianza Ed. Su próximo libro lleva por título La generación perdida: Una encuesta sobre la juventud de 1929 (Ed. Taurus).